Parece que se você fizer a sua dir. local ~/.local
(ou seja, para o meu caso de uso, execute configure --prefix=$HOME/.local
em vez de configure --prefix=$HOME/.opt
) o Unity obterá as coisas corretamente.
Além disso, parece que se você fizer isso, os arquivos .desktop podem não ser necessários para fazer com que o alternador de aplicativos reconheça os ícones, mas ainda é necessário fazer com que o traço unitário reconheça as coisas como aplicativos que podem ser reiniciados.