Embora existam muitos programas baseados no Windows que podem executar isso através de uma GUI pelo que eu posso encontrar no Linux ou Ubuntu, você terá que reverter para uma linha de comando para alcançá-lo.
Você pode tentar o método detalhado por aking1012, mas como ele afirma, eu também duvido que funcionará no Ubuntu - mas você pode tentar.
Eu encontrei um guia passo a passo que detalha a conversão do mp3 para m4b convertendo primeiro para um arquivo .pcm então convertendo-o para m4b, mas isso parece ser um longo caminho a percorrer e requer muito espaço em disco.
Um guia mais fácil está no Fóruns do Ubuntu que requer ffmpeg, imagemagick e mp3wrap e um script que pode ser baixado em o link para executar.
% bl0ck_qu0te%Não tenho certeza de como isso funciona, mas vale a pena tentar.