Você pode adicionar uma variável de ambiente a um aplicativo editando seu arquivo .desktop . Por exemplo, para executar o "digiKam" com a variável de ambiente APPMENU_DISPLAY_BOTH=1 , localize o arquivo digikam.desktop correspondente e adicione a configuração da variável, por meio do comando env , à entrada "Exec":
Exec=env APPMENU_DISPLAY_BOTH=1 digikam -caption "%c" %i
No seu caso:
Exec=env GTK2_RC_FILES=gtkrc.custom /path/to/eclipse