Boa pergunta. Na verdade, é bastante lisonjeiro para os desenvolvedores do Unity 2D que ele é de tão alta qualidade que você realmente tem dificuldades em perceber a diferença entre eles.
Se você estiver executando o Unity 2D, verá processos como o "unity-2d-launcher" no seu monitor de sistema. Mas um teste mais rápido é clicar e arrastar uma entrada de inicialização. Se você estiver usando o Unity, poderá puxá-lo para fora do iniciador. Se você estiver usando o Unity 2D, só poderá arrastá-lo para cima e para baixo no iniciador.
O traço também parece um pouco diferente.