A versão 3D do Unity é implementada como um plugin para o Compiz, então usa a loja de preferências do Compiz (separada das preferências armazenadas para a versão 2D do Unity).
Essas preferências ainda são armazenadas no GConf (que podem ser editadas usando o programa gconf-editor ). As configurações que você provavelmente está interessado são encontradas em /apps/compiz-1/plugins/unityshell/screen0/options .
Como alternativa, você pode usar o compizconfig-settings-manager para obter uma visão um pouco mais estruturada das configurações do plug-in.