Acho que você precisa remover os drivers de terceiros. Eu tive o mesmo problema e vi outros posts no fórum também.
Método de instalação:
Hardware (veja o final do post), i7, GeForce GFX 560 Ti.
Ao iniciar a partir do USB, o Ubuntu detectou os dois monitores e eu consegui usar "Displays" para configurar meus monitores. No entanto, notei que ele estava sendo executado em experiência "padrão" (unity2d). Ambos os monitores foram identificados corretamente por "Displays".
Após inicializar a nova instalação a partir do HD, somente um monitor é detectado. Os drivers nVidia já estavam habilitados dentro do Jockey. Usando o sudo nvidia-settings, depois de muita experimentação consegui fazer com que os dois displays funcionassem usando o "TwinView" (o que parece errado).
Exibe um único display 3200x1080 de "Desconhecido", "Detectar Exibições" não faz nada,
Informações do sistema mostra "Gráficos desconhecidos" e "Padrão de experiência"
Existe alguma maneira de fazer com que ele se comporte da mesma maneira que o Ubuntu "Live" rodou (detectando corretamente dois monitores e permitindo que eu os configure diretamente sem passar pelo painel de controle) e existe uma maneira de obter o Unity 3D? correr neste cartão?
Hardware:
osmith@quaver:~$ lspci 00:00.0 Host bridge: Intel Corporation 5520/5500/X58 I/O Hub to ESI Port (rev 12) 00:01.0 PCI bridge: Intel Corporation 5520/5500/X58 I/O Hub PCI Express Root Port 1 (rev 12) 00:03.0 PCI bridge: Intel Corporation 5520/5500/X58 I/O Hub PCI Express Root Port 3 (rev 12) 00:07.0 PCI bridge: Intel Corporation 5520/5500/X58 I/O Hub PCI Express Root Port 7 (rev 12) 00:14.0 PIC: Intel Corporation 5520/5500/X58 I/O Hub System Management Registers (rev 12) 00:14.1 PIC: Intel Corporation 5520/5500/X58 I/O Hub GPIO and Scratch Pad Registers (rev 12) 00:14.2 PIC: Intel Corporation 5520/5500/X58 I/O Hub Control Status and RAS Registers (rev 12) 00:14.3 PIC: Intel Corporation 5520/5500/X58 I/O Hub Throttle Registers (rev 12) 00:1a.0 USB Controller: Intel Corporation 82801JI (ICH10 Family) USB UHCI Controller #4 00:1a.1 USB Controller: Intel Corporation 82801JI (ICH10 Family) USB UHCI Controller #5 00:1a.2 USB Controller: Intel Corporation 82801JI (ICH10 Family) USB UHCI Controller #6 00:1a.7 USB Controller: Intel Corporation 82801JI (ICH10 Family) USB2 EHCI Controller #2 00:1b.0 Audio device: Intel Corporation 82801JI (ICH10 Family) HD Audio Controller 00:1c.0 PCI bridge: Intel Corporation 82801JI (ICH10 Family) PCI Express Root Port 1 00:1c.2 PCI bridge: Intel Corporation 82801JI (ICH10 Family) PCI Express Root Port 3 00:1d.0 USB Controller: Intel Corporation 82801JI (ICH10 Family) USB UHCI Controller #1 00:1d.1 USB Controller: Intel Corporation 82801JI (ICH10 Family) USB UHCI Controller #2 00:1d.2 USB Controller: Intel Corporation 82801JI (ICH10 Family) USB UHCI Controller #3 00:1d.7 USB Controller: Intel Corporation 82801JI (ICH10 Family) USB2 EHCI Controller #1 00:1e.0 PCI bridge: Intel Corporation 82801 PCI Bridge (rev 90) 00:1f.0 ISA bridge: Intel Corporation 82801JIR (ICH10R) LPC Interface Controller 00:1f.2 SATA controller: Intel Corporation 82801JI (ICH10 Family) SATA AHCI Controller 00:1f.3 SMBus: Intel Corporation 82801JI (ICH10 Family) SMBus Controller 02:00.0 VGA compatible controller: nVidia Corporation GF110 [GeForce GTX 560 Ti] (rev a1) 02:00.1 Audio device: nVidia Corporation Device 0e0c (rev a1) 04:00.0 Ethernet controller: Realtek Semiconductor Co., Ltd. RTL8111/8168B PCI Express Gigabit Ethernet controller (rev 02)
Acho que você precisa remover os drivers de terceiros. Eu tive o mesmo problema e vi outros posts no fórum também.