Este é um conhecido bug para o ubuntu-one. Uma correção é confirmada, mas não chegou a 11.10. Será corrigido em 12.04.
Soluções possíveis estão reiniciando o daemon de sincronização ubuntu-one das preferências do Ubuntu One, ou emitindo o comando
u1sdtool -q; killall ubuntuone-login; u1sdtool -c
Uma reinicialização do sistema também forçará os arquivos a serem sincronizados. Uma alternativa final é mover o conteúdo para outro local, adicionar pasta à sincronização e, em seguida, mover o conteúdo de volta.