Como os problemas ocorrem em vários gerenciadores de arquivos, é provável que seja um problema no sistema de arquivos. Tente adicionar a desabilitação do tempo de acesso (adicione noatime ao fstab), e se você estiver usando o ext4, tente desabilitar as barreiras de escrita (adicionar barreira = 0 a fstab).
O sinalizador noatime diz ao sistema de arquivos para não registrar o último horário de acesso. Registrar o tempo de acesso significa que até mesmo abrir um arquivo causará uma operação de gravação desnecessária; a maioria dos programas nunca usa o tempo de acesso e, por isso, geralmente pode ser desligado com segurança hoje em dia.
Em segundo lugar, a barreira de gravação no ext4 evita a perda de dados em circunstâncias muito específicas, embora apresente uma penalidade de desempenho para determinados aplicativos que exigem muita gravação. A barreira de gravação é nova no ext4, portanto, se a confiabilidade dos dados, como em ext3, é boa o suficiente para você, então você pode desativar a barreira de gravação.