Você tem o Xournal
sudo apt-get install xournal
e Gournal
Pacote Debian disponível na página do desenvolvedor.
Boa sorte!
Eu tenho um tablet e atualmente uso o Foxit PDF Reader e anotei PDFs com a ferramenta de lápis. Não é muito bom, pois não posso substituir o que acabei de fazer. Por exemplo. quando eu desenho alguma coisa, e quero adicionar alguns traços nela, eu não posso, pois vou selecionar a anotação.
O GIMP / Photoshop consertará isso, mas eu não posso ter várias páginas em um mesmo arquivo, posso?
Qual aplicativo será bom para isso? Não precisa trabalhar com PDF. Apenas algo que me permitirá escrever notas / desenhar diagramas rapidamente, também imprimíveis em páginas A4