Pode ser um problema com o Klipper não ser listado em branco.
Você pode experimentar estes conjuntos de comandos:
gsettings set com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist "['all']"
e depois você corre
gsettings set com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist "['JavaEmbeddedFrame', 'Mumble', 'Wine', 'Skype', 'hp-systray', 'klipper']"
alguns recursos de leitura adicionais podem ser encontrados aqui (onde eu encontrei pelo menos):