Não sei por que isso seria reiniciado, mas parar não é o mesmo que desligar. No entanto, upstart realmente confundiu as coisas um pouco, desligando quando alguém chamou a parada. Note que este bug foi corrigido no Ubuntu 11.10:
No entanto, eu suspeitava que, se parasse de emitir um comando ACPI power off e, em vez disso, acabasse reiniciando a máquina, isso soa como um problema do kernel ou incompatibilidade do BIOS.