Se a mensagem não conseguir encontrar o init, e supondo que você tenha outros kernels que estão funcionando bem, então o init em questão provavelmente é o que está no initramfs para o kernel. Eu compararia os tamanhos dos arquivos initramfs para cada kernel em / boot. Você pode recuperar a situação executando update-initramfs -e -k <version>
(lembre-se de usar a versão que está tentando corrigir).