A única vez que encontrei a palavra 'flag' em um contexto, mesmo remotamente relacionado à proteção de arquivos, foi 'read flag' e 'write flag'. Essa foi apenas uma maneira elegante de dizer "permissões". Como em 'clipboard.sh não tem' read flag 'e' PERswitch.pl 'tem' excute flag ':
confus@confus:~/bin$ ll
-rw------- 1 root root 1863 2011-05-13 00:23 clipboard.pl
-rwxr--r-- 1 confus confus 3331 2011-05-06 01:46 PERswitch.pl*
Então pode ser que você esteja perdendo algo tão óbvio. Mas eu não acho que é isso. Isso seria apenas brincadeiras da cidadezinha do bebê.