Se ninguém aparecer com uma resposta melhor, você sempre pode usar um link simbólico (ou symlink) (comando ln . Leva apenas 3 etapas:
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Crie um diretório dentro de
~/.local/share/
. Por exemplo:mkdir ~/.local/share/my_shortcuts/
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Mova os arquivos criados para esse novo diretório.
mv /usr/share/indicators/messages/applications/{my_shortcuts} ~/.local/share/my_shortcuts/
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E, para finalizar, você pode criar um link para o diretório de onde foi movido, com
ln ~/.local/share/my_shortcuts/{shortcut} /usr/share/indicators/messages/applications/{shortcut}
Você precisa fazer isso com todos os atalhos e, quando você muda um, o outro é alterado também. Após a reinstalação, tudo o que você precisa fazer é recriar os links simbólicos (salve os comandos em um arquivo executável (texto) em seu diretório pessoal e poderá executá-los após a reinstalação).