Parece que o script de desligamento está sendo um pouco indiscriminado no gerenciamento do LVM. Em suma, você não tem nada a temer, você não será capaz de desativar um volume LVM enquanto estiver em uso.
Sua segunda pergunta é muito mais complicada. Isso equivale a alinhar suas partições corretamente, dependendo do tamanho do setor do seu disco. Aqui está um artigo bom da IBM para você começar. Não é fatal, embora tenha algum impacto no desempenho. A menos que você esteja executando um servidor de produção, ou você está realmente em ajustes, eu deixaria isso em paz.