Adicionar "compiz --replace" aos aplicativos de inicialização é uma solução perfeita. Descobri que às vezes esse problema é causado por algum arquivo de configuração. Veja este relatório de erros no launchpad.
No meu caso, o problema foi causado por um arquivo chamado "gnome-wm.desktop" em "~ / .local / share / applications /" e foi resolvido depois de excluí-lo. O conteúdo deste arquivo foi:
[Desktop Entry] Exec=gnome-wm Hidden=true Name=Window Manager NoDisplay=true Type=Application X-GNOME-Autostart-Notify=true X-GNOME-Bugzilla-Bugzilla=GNOME X-GNOME-Bugzilla-Component=general X-GNOME-Bugzilla-Product=gnome-session X-GNOME-Bugzilla-Version=2.32.0 X-GNOME-Provides=windowmanager X-Ubuntu-Gettext-Domain=gnome-session-2.0