Se você desconectar uma unidade flash USB sem primeiro desmontá-la, poderá facilmente perder dados.
O tipo de mensagens que você está vendo é um reflexo de que os dados não estão limpos e alguns deles estão bloqueados. O fsck também corrigirá esses problemas, mas às vezes com perda de dados.
Ao montar um sistema de arquivos, o kernel prepara o sistema de arquivos para uso e, ao desmontar o kernel, reverte o processo, incluindo a verificação de que nenhum dos arquivos está em uso e que seus dados foram gravados no disco (seus dados podem ser em cache e ainda não gravadas).
Veja homem sync , man fsck e link para detalhes.