Até onde eu consegui determinar, esse comportamento foi corrigido desde o lançamento de 11.04 - sugiro que você mantenha seu sistema atualizado. (para mais sobre isso, dê uma olhada nesta questão )
Quando você inicia um aplicativo, digamos, Firefox, o Iniciador continua sendo colocado sobre ele. Isso é esclarecido movendo o mouse para a borda esquerda da tela e depois para longe, mas isso não deve acontecer em primeiro lugar.
Até onde eu consegui determinar, esse comportamento foi corrigido desde o lançamento de 11.04 - sugiro que você mantenha seu sistema atualizado. (para mais sobre isso, dê uma olhada nesta questão )