Você pode remover os drivers proprietários na mesma tela em que você os instalou (em "Drivers Adicionais"), basta selecionar os que você está usando agora e clicar em "desativar" se os instalou usando o aplicativo "Drivers Adicionais" .
Se você usou os drivers baixados do site da ATI, deve haver um arquivo /usr/share/fglrx/ati-uninstall.sh , executá-lo com sudo sh /usr/share/fglrx/ati-uninstall.sh e isso deve remover os drivers baixados da ATI.
Sobre qual driver usar, bem, qualquer um deles terá os mesmos efeitos, o choppiness vem do uso de compiz com efeitos 3D, que não é bem tratado pelos drivers Nvidia ou ATI (na maioria dos casos).
Meu conselho é usar o driver fglrx, mas em vez do desktop unity3d, use o desktop unity2d como padrão. Afinal, você realmente precisa ter efeitos especiais quando assiste a um filme? O desktop 3D faz você se sentir melhor consigo mesmo? Vale a pena as picadas? Não, na verdade não ... Use o unity2d, é mais rápido, faz as mesmas coisas, parece tão bom e não é tão agitado!