Eu tenho um programa do Windows em que executo vinho que requer um desktop um pouco mais alto do que o espaço de trabalho vertical da tela do meu netbook quando eu crio a área de trabalho, o clipe de vinho para caber na tela. Eu tenho que colocar tudo no topo, pegá-lo e movê-lo para cima, pressione Alt + F8 para redimensioná-lo. Existe uma maneira de impedi-lo de recortar em primeiro lugar. Correndo sem um desktop, ainda o clipe, mas não consigo redimensionar ou movê-lo.
Além do alt + arrastar para mover a janela para cima e redimensioná-la manualmente como uma solução alternativa, não acredito que isso seja possível, pois é o aplicativo do Windows que declara seu tamanho inicial. Você verá um comportamento semelhante ao executar o aplicativo no Windows se tiver uma tela pequena o suficiente.