De alguma forma, eu experimento o mesmo. Mas usando a opção "Twinview" faz o oposto (estendido).
Experimente e, se este for o caso, a nVidia tem algo a ver com isso. Ou é um problema relacionado ao Ubuntu?
Aqui você pode ver meu arranjo de monitores nvidia-settings
com o "Twinview" configurado, mas como você pode notar na tela, minha área de trabalho é estendida.
BTW: Eu não sei como isso pode ser corrigido ou, se possível. Mas funciona assim e é bom para mim.
Boa sorte!