Gostaria de aumentar a janela se ela estiver coberta por outra janela, caso contrário, abaixe-a com algum mouse de atalho (clique + teclas extras).
Sabendo que uma janela (na qual você está interessado) está em uma região perto de onde seu mouse está, você pode digitalizar as janelas que estão sob o mouse.
Isso era possível antes em algumas áreas de trabalho GNOME mais antigas. E isso também é possível no CDE do Solaris.
Shift + Alt + clique do meio na barra de título move uma janela para o plano de fundo (pelo menos no meu sistema; se esse não for um comportamento padrão, corrija-me e tentarei descobrir como eu fiz isso). Isso provavelmente não é exatamente o que você quer embora?