Tudo bem. A área de trabalho no Ubuntu é fornecida pelo Nautilus. Quando estiver usando itens em sua área de trabalho, você está realmente usando o nautilus.
Acho que é bom ter um menu para a área de trabalho. Se você acha que a área de trabalho não deve ter um menu ou menu Nautilus deve ser substituído por um personalizado para a área de trabalho, você deve considerar um bug no Unity. link