O Ubuntu One não sincroniza links simbólicos em tudo . A maneira de sincronizar pastas arbitrárias é indo até a pasta no nautilus e selecionando Synchronize this folder da fita, se ela estiver visível,

oudomenuFile›UbuntuOne,senãofor,
ou no submenu Ubuntu One do menu do botão direito do mouse no diretório pai,
ou, na linha de comando, usando u1sdtool --create-folder /path/to/folder .