Encontrei a solução - No CompizConfig Setting Manager, vá para "Composite" e marque "Unredirect fullscreen windows". Espero que isso ajude os outros a terem o mesmo problema.
Quando executo um aplicativo de vinho em tela cheia, o painel superior do Unity fica visível, passando por cima e por baixo. O "suporte Legacy fullscreen" não ajuda, quando rodando sem o Compiz (Unity 2d) está tudo bem.
Encontrei a solução - No CompizConfig Setting Manager, vá para "Composite" e marque "Unredirect fullscreen windows". Espero que isso ajude os outros a terem o mesmo problema.
Sim ... Esse é um problema antigo com a composição, não há muito o que fazer sobre isso. Além de abrir o 'winecfg' e passar para os gráficos. Marque a opção "Emular uma área de trabalho virtual" e execute-a em uma janela de 800x600 (ou resolução de sua escolha).