Você precisa fazer duas coisas para atingir seus quatro objetivos.
Primeiro, não use o Shotwell para importar novas fotos. Importe-os com o Nautilus para onde você quiser manter as imagens.
Em segundo lugar, altere uma configuração em Shotwell. Editar / Preferências / Biblioteca (guia) / Importar fotos para: e selecione "Outro" e, em seguida, navegue até onde você armazena suas fotos. Esta deve ser uma unidade que é montada automaticamente sempre que você faz o login . Marque a caixa "Assista ao diretório da biblioteca para novos arquivos". Isso detectará automaticamente as alterações à medida que você adiciona ou subtrai imagens usando o Nautilus. As configurações de 'Importação' são irrelevantes. Você não estará usando o Shotwell para importar imagens, portanto não há necessidade de alterá-las.