Se você não precisa mais manter a sincronização, ou seja, todos os seus contatos estão agora no UbuntuOne, você pode desativar a sincronização e simplesmente excluir todas as notas do Evolution. Isso eliminará a necessidade de manter os caracteres únicos na seção de anotações.
Uma vez feito isso, seus arquivos atualizados do Evolution terão prioridade sobre suas cópias baseadas na web e as notas do FB nunca retornarão.
Acredito que tenha algo a ver com a maneira como as notas do Facebook são sincronizadas com o Ubuntu, no sentido de que você não está recebendo informações de contato apenas da foto, nome e qualquer coisa que tenha adicionado às anotações.
Espero que o FB e o Ubuntu façam algum tipo de acordo para permitir a publicação de endereços de e-mail na sincronização.