Eu tenho certeza que você já tentou isso, mas você já fez o que eu costumo esquecer de fazer, que é selecionar ver arquivos ocultos ou pressionar ctrl e H no nautilus.
Eu também tentaria abrir o nautilus como root, como sugerido por enzotib ou usando o comando sudo nautilus em um terminal.
Tenho certeza que fiz uma das últimas vezes em que estraguei