Eu poderia lhe dar uma resposta mais completa se pudesse ver o pacote. Do que você forneceu, seu arquivo package.install deve ser semelhante:
foo.py usr/bin
debian/app.desktop usr/share/applications
Verifique também se package.install (substitua package pelo nome real do seu pacote) está na debian/ dir.
Você deve dar uma olhada no guia de embalagem e a man page para dh_install