Existe uma resposta parcial em este ubuntuforums post .
Existem exemplos usando ffmpeg e mencoder, que "funciona com mp4, avi, mpeg, wmv1, wmv2 e mkv output".
Os dois exemplos cor2y são:
ffmpeg -i file.avi -vcodec copy -acodec copy -metadata title="Dancing Bear" -metadata comment="Title Created Using FFmpeg metadata tag" outputfile.avi
e
mencoder -ovc copy -oac copy file,avi -info name="Dancing Bear" -info comment="File Title Created with Mencoder Info tag " -o outputfile.avi