O BootMGR é facilmente corrigido de um disco de recuperação do Windows. veja este link para um exemplo.
Se você instalar o Ubuntu (e eu o recomendo) ele irá autodetectar o Vista e definir uma opção para você inicializar nele após a instalação. Não pode fazê-lo a partir do CD, no entanto. O gerenciador de inicialização do Windows precisa ser corrigido para funcionar.