Falando em gnome 3, você quer dizer shell gnome, eu suponho? Talvez seja por causa de seus drivers de placa gráfica. Eu tive o mesmo problema com o Maverick Beta, é porque o mutter (usado pelo Gnome shell e pelo Unity para composição) tem muitos problemas com alguns drivers (o Mutter é muito novo). Se você usar os gráficos proprietários de seus cartões, tente desativá-los e usar os drivers do Ubuntu. Senão, eu não sei o que você pode fazer, exceto esperar pela versão Ubuntu do Ubuntu Unity, que irá usar compiz ao invés de murmurar (isso significa uma compatibilidade muito, muito melhor). As primeiras versões do Unity baseado em compiz devem estar disponíveis em breve em um ppa para teste, mas cuidado, será a versão de desenvolvimento)