Você provavelmente está vendo este bug . Você precisa abrir o Nautilus, clicar com o botão direito do mouse em uma pasta e ir para o Open With Other Application ... no menu do botão direito e configurá-lo de volta para o Navegador de Arquivos
Não se esqueça de verificar se a caixa de seleção "Lembrar este aplicativo para arquivos de pastas" está marcada!