Em vez de apenas excluí-los (e, assim, confundir o gerenciador de pacotes), desinstale os kernels que você não quer mostrar na lista do GRUB. Em seguida, execute sudo update-grub para gerar novamente a lista.
Eu recentemente atualizei o Ubuntu 10.10 de 32 para 64 bits, mas há duas entradas que eu gostaria de remover - são as entradas de 32 bits, com o sufixo -pae. Existe até uma imagem initrd -...- pae para eles em / boot. Você sabe como limpar essa bagunça?
Em vez de apenas excluí-los (e, assim, confundir o gerenciador de pacotes), desinstale os kernels que você não quer mostrar na lista do GRUB. Em seguida, execute sudo update-grub para gerar novamente a lista.