O guia oficial sobre como transferir vídeos está bastante desatualizado, mas refere-se a você ou use gtkPod ou ThinLiquidFilm.
O site de atualizações do Ubuntu observa que, se você usar o gtkPod, deverá instalar o libmp4v2-0 para ativar o suporte aac .
Você também pode experimentar o novo reprodutor de música padrão, o Banshee. Supostamente suporta a sincronização de vídeos com o iDevices .
Finalmente, alguns usuários relataram sucesso instalando este ppa:
sudo add-apt-repository ppa:pmcenery/ppa
sudo apt-get upgrade
sudo apt-get install libimobiledevice1