Você editou notas de modelo como se fossem notas regulares. As notas do modelo estão ocultas na interface principal e não podem ser excluídas. O Ubuntu One costumava mostrá-los (bug), que é provavelmente como você entrou nessa situação.
Você deve excluir os arquivos .note das notas do modelo que estão incomodando você. lepe apontou o diretório da nota. Apenas certifique-se de deletar esses arquivos enquanto o Tomboy não estiver rodando.
FWIW, estamos trabalhando para tornar as anotações de modelo um pouco mais óbvias e muito mais flexíveis, já que você não é a primeira pessoa a encontrar esse problema.