A ordem das opções é importante:
ffmpeg [input options] -i input [output options] output
Você está tentando aplicar suas opções de codificação à entrada. Mude o seu comando para:
ffmpeg -i tmpoHcVBN.mp4 -c:v libx264 -preset slow -crf 22 -c:a copy output.mp4
Tenha certeza de como você recebeu a mensagem WARNING: library configuration mismatch
, mas ela não deve aparecer ao usar uma compilação no site johnvansickle.com.