As pastas de início não são partições, mas montadas no login do usuário, se criptografadas. Eu tenho check, ele não suporta trim, então não é necessário para pastas criptografadas.
Se você tiver uma partição separada, criptografada, a resposta poderá ser diferente. Mas é fácil verificar se ele suporta o ajuste ou não.
Além disso, há fstrim --all no cron semanalmente (anacron) no ubuntu mais recente, então nada para se preocupar.