Os sistemas de arquivos kernel Linux e Linux fazem muitas coisas para minimizar a fragmentação, mas não é verdade que a fragmentação não é possível. A quantidade de fragmentação depende do tipo de uso de um sistema de arquivos (como Jeremy aponta para o bugtracker Transmission, grandes torrents podem ser um exemplo de comportamento "ruim" para fragmentação, dependendo de como os aplicativos funcionam com eles). Em geral, ele não fica realmente ruim normalmente, a menos que você consiga quase preencher seu disco.
Ah, e você obtém a melhor desfragmentação copiando tudo para outro sistema de arquivos, excluindo o sistema de arquivos antigo e copiando tudo de volta. Isso também é verdade no Windows ...;)
Na verdade, você pode fazer o truque de copiar + excluir no mesmo sistema de arquivos, mas lembre-se de que precisa fazer uma cópia, depois excluir a antiga e não mover / renomear!