A configuração "Efeitos visuais" é baseada no Compiz, enquanto a interface de usuário padrão do Unity no Ubuntu 10.10 Netbook Edition usa o Mutter. Se você quiser os efeitos regulares no Ubuntu 10.10, você terá que executar a sessão Desktop (você pode selecioná-lo na tela de login).
No futuro lançamento do Ubuntu 11.04 (normalmente lançado em abril do próximo ano), a interface do usuário do Unity será baseada no Compiz, então você terá "o melhor dos dois mundos" ...