X-Fis (mesmo os USB) funcionam. Eles não costumavam, mas a ALSA adicionou drivers para eles há mais de um ano e as pessoas mais agora não parecem ter problemas com elas. Eu sei que a primeira revisão de um sobre o Newegg queixa-se sobre o suporte ao Linux, mas seriamente, costumava haver tópicos reclamando sobre eles todos os dias, o que é fracassado em nada.
Você encontrará na maioria dos dispositivos de áudio melhores do consumidor que muito do hardware especial (leia-se: CMSS-3D, EAX, etc) requer software especial somente para Windows. Você será capaz de ouvir o som e poderá ouvi-lo em 5.1 configurações com o DTS (se isso se aplicar), mas você não obterá alguns dos efeitos mais extravagantes.
Como alternativa, você pode usar algo tão simples quanto uma conexão HDMI (se a sua placa Mini-ATX tiver uma ou através de uma placa gráfica) e conectá-la a um receptor AV. Muito mais dinheiro, mas muito melhores opções de som e equalizador (IMO).