A resposta curta é que você não pode. Notificações são um serviço dbus, que é executado no barramento da sessão do usuário. Se você quiser enviar uma notificação de um serviço do sistema para um usuário, precisará ter um daemon que seja executado como usuário e se comunique com o serviço do sistema e com o barramento da sessão do usuário para enviar a notificação.
Usar hacks para contornar esse design provavelmente será uma vulnerabilidade de segurança.