Não sei se você conseguirá realizar o que deseja. No seu caso, ambos os projetores têm a mesma resolução, de modo que o modo de tela cheia resultaria em um retângulo. Esse não é o caso se os monitores / projetores não tiverem a mesma resolução. Aplicação teria que lidar com a janela não retangular. Eu não acho que aplicativos (ou gerenciadores de janelas) possam fazer isso.
Provavelmente você tem uma tela principal com barra de tarefas, barra de tarefas e tudo, enquanto outras não têm nada. Isso já é uma diferença, o que torna as telas desiguais. Quando você maximiza uma janela, a barra de tarefas em uma tela cria as janelas maximizadas de diferentes dimensões. Bem, tela cheia faz o mesmo tamanho em ambos, mas apenas se eles tiverem a mesma resolução.
O twinview faz realmente um display? Geralmente, monitores diferentes possuem diferentes configurações de DISPLAY (hostname: 0.0, hostname: 0.1, ...). Se você tem mais servidores X rodando do que você tem hostname: 0.0, hostname: 0.1, ... para o primeiro XServer e hostname: 1.0, hostname: 1.1, ... para o segundo e assim por diante. Então, o fulscreen provavelmente assume uma tela (: 0.0 ou: 0.1).
Dê uma olhada aqui. Talvez o compiz possa ajudar você: