Você deve verificar a presença e o conteúdo do arquivo /root/.profile
.
O arquivo init ~/.bashrc
não é originado em shells de login: no Ubuntu ele é originado de ~/.profile
Além disso, o arquivo /root/.profile
não é copiado de /etc/skel/
para outros usuários, mas copiado de /usr/share/base-files/dot.profile
durante a instalação do pacote base-files
.