WINE instala as duas arquiteturas. Então você pode fazer prefixos de 32 bits e 64 bits. No entanto, 32 bits é melhor suportado pelo WINE.
Assim, na maioria dos casos, a versão de 32 bits dos programas do Windows tem uma taxa de sucesso melhor do que as versões de 64 bits. Dito isso, isso não significa que as versões de 64 bits não funcionem.