Depois de pesquisar um pouco mais on-line, descobri que as etapas deste vídeo do YouTube funcionaram para mim: Jack e PulseAudio Together as Friends - Linux
Basicamente edite o /etc/pulse/default.pa para adicionar o seguinte em ### Load audio drivers statically
load-module module-jack-sink
load-module module-jack-source
depois mate o pulseaudio. Depois disso, eu pude conectar o PulseAudio Jack Sink no QJackCtl.