Eu encontrei esse problema antes com alguns dos meus sites quando os transferi para outro servidor.
Aqui está o que eu fiz. edite sua pasta apache2.conf
at /etc/apache2/
.
Execute o seguinte comando:
nano /etc/apache2/apache2.conf
Desloque-se para baixo e procure esta secção com um comentário:
# your system is serving content from a sub-directory in /srv you must allow
# access here, or in any related virtual host.
Certifique-se de que este é o único lá:
<Directory /var/www/>
Options Indexes FollowSymLinks
AllowOverride all
Require all granted
</Directory>
Para breve, conceda-o. Para que seus permalinks não falhem.
-Dave