Se você instalar um pacote, todos os pacotes dos quais esse pacote depende também serão instalados. Por exemplo, se você instalar o pacote vlc, ele instalará automaticamente o vlc-nox. Os pacotes instalados automaticamente (neste caso, vlc-nox) são definidos como "instalados automaticamente" - se você remover o vlc, o gerenciador de pacotes sugerirá remover o vlc-nox também (o aptitude fará isso automaticamente, se você usar o apt -get você pode remover todos os pacotes instalados automaticamente com apt-get autoremove
).
Agora, se você fizer apt-get install vlc-nox
, receberá a mensagem de que o vlc-nox agora está configurado para "manualmente instalado", isto é, o gerenciador de pacotes agora pensa que você deseja especificamente esse pacote e não o instalou porque a vlc precisava dele . Se você remover o vlc, o vlc-nox não será automaticamente removido.
Isso não afeta as atualizações de maneira alguma.