Nenhuma solução, mas uma solução alternativa. Descobri que o cliente Owncloud faz o trabalho. Nextcloud é uma bifurcação do Owncloud e para a versão atual do Ubuntu Software Center (12.0.4 no Ubuntu 17.10) O cliente owncloud não tem nenhum problema em sincronizar com o servidor Nextcloud. Estranho, mas por enquanto está tudo bem, acho que em outras versões ele pode ser diferente, já que o desenvolvimento do Nextcloud parece ser mais rápido. Então, finalmente, o cliente Owncloud mostra todas as pastas e partições disponíveis, o cliente Nextcloud não, por exemplo / media não está lá por algum motivo desconhecido.