Este parece ser um problema do kernel, discussão aqui: link
Afirma-se que isso será corrigido pela próxima atualização do kernel.
Uma correção rápida e suja que parece funcionar é esta:
sudo su
echo 3 > /proc/sys/vm/drop_caches
edit: Parece que a "correção" precisa ser aplicada a cada 12 horas. Uma solução mais permanente é fazer o downgrade do kernel para 4.4.0-57.